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蛋白組+轉錄組聯合分析

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項目介紹

生物體的基因表達是通過基因的轉錄、翻譯來實現功能性基因產物的合成，基因表達產物通常是蛋白質。轉錄本可以反映轉錄調控機理，轉錄調控涉及到廣泛的生物學功能。蛋白質是生物體功能的執行者，對其表達水平的研究至關重要。因而，關聯轉錄組學和蛋白組學數據，可以系統、動態的描述遺傳物質在生物體內的表達過程，對探索生命體生物學機制、疾病機理、醫療診斷、藥物研發等提供有力幫助。關聯分析的前提：1、要求提供的轉錄組樣本名稱與蛋白組樣本名稱保持一致，確保轉錄組與蛋白組數據來源于相同樣本。2、轉錄組為有參分析，需提供參考基因組數據庫網站鏈接。若為無參分析，蛋白組數據需要采用轉錄組數據翻譯的蛋白序列作為數據庫。

方法分析

蛋白組與轉錄組表達差異關聯分析

分別對蛋白組和轉錄組進行差異分析，篩選出顯著差異表達的轉錄本和蛋白，分析顯著差異表達的轉錄本與蛋白之間的交疊情況。然后根據基因在不同水平（轉錄水平、蛋白水平）差異表達情況進行分類，并對不同分類下的基因集進行 GO 和 KEGG 通路的富集與聚類分析。

蛋白組與轉錄組表達一致性關聯分析

首先，通過皮爾森相關性分析和 PCA 分析，比較重復樣本在轉錄水平和蛋白水平表達量的重復性，同時用散點圖展示樣本在轉錄水平和蛋白水平表達的相關性。其次，通過每個基因轉錄水平和蛋白水平表達的皮爾森相關系數累積分布圖來體現多個實驗條件下處理的樣本在蛋白組與轉錄組之間的定量相關性，然后基于基因的皮爾森相關系數數據，對基因做 KEGG通路GSEA 富集分析，揭示不同調節關系下蛋白或轉錄本潛在參與的通路過程。最后，為探究多個處理條件下基因在轉錄水平和蛋白水平之間的潛在關系，將蛋白與轉錄組的表達量通過層次聚類分成 6 大類，每種分類中蛋白與轉錄本在表達量上存在特定的關系，并對每類蛋白進行GO和KEGG富集分析。

樣品要求

詳情請聯系技術經理。

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