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修飾位點(diǎn)保守性分析

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修飾位點(diǎn)保守性分析

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項(xiàng)目介紹

     不同類型的蛋白翻譯后修飾在生物過程中有著不同的調(diào)控作用，不同功能特性的蛋白在生物進(jìn)化過程中有著不同程度的序列保守性，例如直系同源基因相關(guān)的蛋白在進(jìn)化上處于高度保守狀態(tài)。發(fā)生在蛋白序列進(jìn)化高度保守區(qū)域上的翻譯后修飾有可能預(yù)示著在生物過程中起關(guān)鍵的調(diào)控作用。

分析方法

      使用 BLAST 方法對(duì)給定物種的蛋白序列進(jìn)行同源比對(duì)分析，通過適當(dāng)?shù)倪^濾條件篩選出直系同源蛋白，然后采用 MUSCLE 軟件對(duì)找到的同源蛋白進(jìn)行多序列比對(duì)。根據(jù)多序列比對(duì)結(jié)果，統(tǒng)計(jì)在本研究中發(fā)生修飾的氨基酸在其同源蛋白中保守的比例（如果修飾位點(diǎn)氨基酸在其同源蛋白中為其他氨基酸或缺失，定義為“不保守位點(diǎn)”；反之為“保守位點(diǎn)”）。比較特定氨基酸上發(fā)生修飾的保守比例與未發(fā)生修飾的保守比例，采用 Fisher 精確檢驗(yàn)計(jì)算保守性 p value。

樣品要求

詳情請(qǐng)聯(lián)系技術(shù)經(jīng)理。

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