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RIP-seq

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項目介紹

RIP-seq（RNA Immunoprecipitation）是研究細胞內蛋白與RNA相互作用的技術，是了解轉錄后調控網絡動態過程的有力工具，能更有效地發現miRNA的調節靶點。

技術原理

RIP-seq是運用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合物沉淀下來，然后經過分離純化就可以對結合在復合物上的RNA進行測序分析。 RIP可以看成是普遍使用的染色質免疫沉淀RIP技術的類似應用，但由于研究對象是RNA-蛋白復合物而不是DNA-蛋白復合物，因此RIP實驗的優化條件與RIP實驗并不相同。RIP實驗下游結合二代測序技術稱為RIP-seq，通過高通量測序和分析，深度解析與目標蛋白相互結合的RNA的區域或種類和相互作用強弱。

應用

RIP-seq技術可用于研究蛋白質與RNA的直接作用、蛋白在轉錄層面相互作用、研究與蛋白結合的RNA序列。

實驗流程

分析流程

     1.基礎分析流程

    2.可選分析流程


樣品要求

送樣要求

1.提供無支原體或其他污染，活力達90%以上的細胞，細胞數量≥2.5X107。

     2.運輸前細胞需交聯固定（固定方法可聯系技術經理獲取）。

     3.保存于-80℃冰箱，干冰運輸。

項目案例

GO分析SRSF6下游的靶點基因所涉及的細胞通路及功能

RIP-Seq與RNA-Seq聯合分析獲得SRSF6的RNA序列結合熱點

PRC2的RIP-Seq所獲得的RNA表達值以及屬性分析結果

RIP-Seq的原理圖以及5mC富集的RNA在編碼序列上的分布和含5mC的RNA的表達水平分析

學術文章

RIP-seq

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