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SmallRNA

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項目介紹

Small RNA是一大類調控分子,幾乎存在于所有的生物體中。Small RNA包括:microRNA、ncRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、rasiRNA等等。Small RNA通過多種多樣的作用途徑,包括mRNA降解、翻譯抑制、異染色質形成以及DNA去除,來調控生物體的生長發育和疾病發生。Small RNA轉錄組測序是鑒定和定量解析small RNA的新方法和有力工具。

技術特點

1.可以直接從核苷酸水平上研究Small RNA分子,不存在傳統芯片雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應和背景噪音問題,非常利于區分相同家族以及序列極為相似的不同Small RNA分子;

2.可以對任意物種進行高通量分析,無需任何預先的序列信息以及二級結構信息。

3.靈敏度高,測序通量大,為Small RNA分子的發現和研究提供了極大的數據深度與覆蓋率,能夠檢測豐度極低的稀有轉錄;

      4.測序產生的原始數據可以與多種分析軟件兼容,可以注釋Small RNA的基因組信息,并分析其表達水平,能夠隨時使用公用Small RNA數據庫注釋已知的Small RNA,還可以進一步分析  未匹配的數據,發現新的Small RNA種類及異構體,尋找更深入的研究信息。

實驗流程

圖中深色為該實驗流程

分析流程

標準分析

(1) 數據過濾及比對

(2) MicroRNA的比對分析及預測

高級分析

(3) MicroRNA表達水平分析

(4)MicroRNA表達差異性分析


樣品要求

送樣要求

RNA濃度≥200ng/ul,總量≥2ug

細胞數≥5ⅹ106

項目案例

對68個標本的聚類分析

亞型差異表達維恩圖分析

差異表達基因熱圖分析

學術文章

SmallRNA

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