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ASE原子模擬環(huán)境計(jì)算程序安裝教程

來源：時(shí)間：2022-12-16 16:20:13 瀏覽：5225次

安裝要求

基本要求
* Python 3.6或更新版本
* NumPy (基礎(chǔ) N-dimensional array 包)
* SciPy (科學(xué)計(jì)算庫)
可選并強(qiáng)烈推薦安裝
Matplotlib (繪圖)
tkinter (for ase.gui-ASE圖形界面所需的庫，CentOS系統(tǒng)自帶的python默認(rèn)編譯是沒有tkinter的，需要重新編譯python)

可選安裝

Flask (用于ase.db網(wǎng)頁界面所需)
pytest (用于測試)
pytest-mock (用于更全面的測試）
pytest-xdist (用于并行運(yùn)行測試)
spglib (用于某些與對稱相關(guān)的特征)

使用系統(tǒng)軟件包管理器安裝

Linux

ASE支持主要的GNU/Linux發(fā)行版(包括Debian、Ubuntu、Arch、Fedora、Red Hat和CentOS)，并有對應(yīng)的一個(gè)python-ase包，可以在你的系統(tǒng)上安裝它。系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)管理依賴關(guān)系，并使ASE對所有用戶可用。

注意：不同的Linux發(fā)行版，對應(yīng)的ASE包版本不一定是最新的。

Max OSX(Homebrew)

Mac OSX中包含的舊版本Python與ASE不兼容，并且不包括pip包管理器。在下一節(jié)中介紹的使用pip安裝ASE之前，Mac用戶需要安裝適當(dāng)?shù)腜ython版本。一種選擇是使用Homebrew包管理器，它提供了Python 3的最新版本，包括pip和tkinter圖形界面綁定:

$ brew install python

使用pip安裝1

建議使用anaconda的python，方便安裝和版本管理。安裝ASE最簡單的方法是使用pip，它會(huì)自動(dòng)從PyPI獲取源代碼:

$ pip install --upgrade --user ase

如果要運(yùn)行測試，可使用：

$ pip install --upgrade --user ase[test]

Python會(huì)將ASE安裝到可以自動(dòng)找到ASE的本地文件夾中。ASE的命令行工具將安裝在以下位置:

操作系統(tǒng)	路徑
Unix and Mac OS X	~/.local/bin
Homebrew	~/Library/Python/X.Y/bin
Windows	%APPDATA%/Python/Scripts

請參考環(huán)境變量章節(jié)，正確設(shè)置環(huán)境變量。在使用ASE前，參考ASE的安裝測試環(huán)節(jié)，進(jìn)行測試。 注意： 如果你的系統(tǒng)中，沒有安裝numpy，scipy和matplotlib模塊，請參考下面命令安裝：

$ pip install --upgrade --user numpy scipy matplotlib

如果在安裝過程中出現(xiàn)Cannot uninstall 'pyparsing'

pip install -I pyparsing

即可解決

從源碼安裝

作為pip方式安裝的替代方案，您還可以下載源代碼.tar文件或Git方式獲取源碼。

tar文件

你可以下載最新版ase-3.22.1.tar.gz或者開發(fā)測試版ase-3.23.0b1.tar.gz。其它版本，可參考ASE官網(wǎng)列表解壓：

$ tar -xf ase-3.17.0.tar.gz

Git clone

或者，你也可以使用git clone命令可以從https://gitlab.com/ase/ase獲取指定版本的源碼：

$ git clone -b 3.22.1 https://gitlab.com/ase/ase.git

或者安裝開發(fā)版

$ git clone https://gitlab.com/ase/ase.git

pip

使用pip命令從ase的git主目錄安裝

$ pip install --upgrade git+https://gitlab.com/ase/ase.git@master

--upgrade參數(shù)可以確保您總是重新安裝，即使版本號(hào)沒有更改。

添加用戶環(huán)境變量即可使用，具體請參考環(huán)境變量章節(jié)當(dāng)然也可以在源碼目錄下，執(zhí)行python setup.py install --user命令進(jìn)行安裝，然后再添加環(huán)境變量。

環(huán)境變量

ASE需要定義兩個(gè)環(huán)境變量：

$PATH：

定義ase可執(zhí)行文件路徑

$PYTHONPATH：

定義python模塊路徑

在用戶主目錄下的.bashrc文件中，添加如下

$ export PYTHONPATH=<path-to-ase-package>:$PYTHONPATH

$ export PATH=<path-to-ase-command-line-tools>:$PATH

或者在用戶主目錄下的.cshrc文件中，添加如下：

$ setenv PYTHONPATH <path-to-ase-package>:${PYTHONPATH}

$ setenv PATH <path-to-ase-command-line-tools>:${PATH}

運(yùn)行測試

運(yùn)行測試前，請確保環(huán)境變量已經(jīng)正確設(shè)置

測試命令：

ase tes

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