本文將以一些簡單的例子來介紹基于Gaussian軟件進行模擬的操作流程,并對該軟件的適用范圍和安裝流程以及其中涉及到的輸入、輸出文件內(nèi)容的關(guān)鍵信息進行介紹。
本文以針對水分子(H2O)的結(jié)構(gòu)優(yōu)化為例,介紹利用Gaussian軟件進行量化模擬的常規(guī)流程,其中分為六大步驟:建模、生成輸入文件并修改其內(nèi)容、在Linux服務(wù)器中進行模擬、導(dǎo)出計算結(jié)果文件、輸出文件.out的查看以及檢查點.fchk文件的使用。
在修改Gaussian輸入文件時,自旋多重度往往是困擾入門者的難題。正如前文所述,其計算公式為:2S+1= Nα-Nβ+1,其中S為自旋量子數(shù),Nα為alpha(即自旋向上)電子數(shù),Nβ為beta(即自旋向下)電子數(shù)。換言之,只要能夠知道模型分子的電子占據(jù)情況,即可算出該體系的自旋多重度。
本文的目標是對多巴胺分子進行結(jié)構(gòu)優(yōu)化,并計算原子振動,從而獲得多巴胺分子的理論紅外光譜與拉曼光譜。在此基礎(chǔ)上,簡要展示如何通過Multiwfn軟件進行波函數(shù)分析,從中獲取分子軌道、靜電勢等信息。
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